云投生态公司目前设置14个部门,其中10个职能管理部门(办公室、党群工作部、人力资源部、财务管理部、运营部、董事会办公室、投资管理部、审计部、研发部、采购中心)、四个业务部门(苗木事业部、花卉事业部、工程事业部、生态环保部)。